Die Basilika St. Clemens verfügt über insgesamt drei Orgeln: Die Hauptorgel von der Orgelbaufirma Klais, ein Orgelpositiv auf der Empore, sowie eine Truhenorgel in der Krypta.
Die Hauptorgel in St. Clemens wurde 1973 von der Orgelbaufirma Johannes Klais (Bonn) erbaut. Das Instrument hat 32 Register, verteilt auf Hauptwerk, Schwellwerk und Pedal.
I Hauptwerk C–g³
II Schwellwerk C–g³
Pedal C–d¹
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12.
Pommer Principal Rohrflöte Octave Blockflöte Quinte Superoctave Cornett V (ab fis0) Mixtur V Trompete Vox humana Clarion
16′ 8′ 8' 4' 4' 2 2/3' 2' 8' 1 1/3' 8' 8' 4'
13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 22. 23.
Holzgedackt Gamba Schwebung (ab c) Principal Spillpfeife Waldflöte Larigot Sesquialter II Scharff IV Holzdulcian Hautbois
8' 8' 8' 4' 4' 2' 1 1/3′ 2 2/3′ 16' 8'
24. 25. 26. 27. 28. 29. 30. 31. 32.
Principal Subbaß Gedecktbass Octave Koppelflöte Octave Mixtur IV Posaune Kopftrompete
16' 16' 10 2/3′ 8' 8' 4' 2 2/3′ 16′ 8'
Die bei der Renovierung 1984 von Bücker angebrachten vergoldeten Schleierbretter mit angedeuteten Zimbelsternen und Pinienzapfen sollen an die ehemals barocke Ausstattung der Kirche erinnern. Seit ihrer Weihe 1973 ist diese Orgel eine tragende Säule der kirchenmusikalischen Arbeit, der Verkündigung durch Musik, geworden und wurde seit Beginn bis 2013 wesentlich von Lothar Rückert geprägt.
Zwei weitere Instrumente dienen der musikalischen Gestaltung der Gottesdienste:
Das Orgelpositiv mit vier Registern auf der Empore (Hammer 1975) und die transportable Truhenorgel mit ebenfalls vier Registern in der Krypta (Hammer, 1990).
